Struktur organisasi SMK Merdeka Ulujami terdiri dari Kepala Sekolah sebagai pemimpin tertinggi, dibantu oleh wakil kepala sekolah untuk bidang kurikulum, kesiswaan, dan sarana prasarana. Di tingkat unit, terdapat Koordinator Program Keahlian, wali kelas, serta pengurus OSIS dan ekstrakurikuler yang bekerja sama mendukung jalannya kegiatan belajar dan pengembangan siswa.